Многих ценных животных эвакуировали в Казань еще 7 июля 1941 года. Среди них были самка носорога, зебры, антилопы, тапиры, кенгуру, страусовидные казуары, чёрные лебеди и многие другие.

- Эшелон, которым были отправлена партия животных должен был вернуться и забрать остальных, - рассказывает дрессировщик со стажем работы в Ленинградском зоопарке более 30 лет Дмитрий Васильев. – Среди крупных зверей остались бегемотица и слониха.
В сентябре 41-го крупных хищников начали уничтожать.

- По указания властей в зоосад пришли военные и стали отстреливать животных, - продолжает Дмитрий Васильев. – Юннаты, с которыми мне удалось поговорить в своё время, рассказывают, что тогда для них этот случай стал первым ужасом войны. В вольерах в лужах крови лежали волки и гиены.

Бомбежки, которые коснулись зоосада, произошли 4, 6 и 8 сентября 1941 года. В результате сгорело здание входа в зоосад и театр зверей. Пламя перекинулось на деревянный обезьянник. Несколько приматов сгорели, некоторые разбежались. Их отловили обратно. Кроме того, под обломками слоновника погибла слониха Бетти.

- Животные погибали от холода, голода и от ранений, нанесенных осколками, - делится дрессировщик. – Молодой тигрёнок по кличке Котик погибв 1943 году от кровеизлияния в мозг, так как очень был напуган. Он не попал под отстрел в 1941, тогда он был ещё совсем маленьким. К тому же имел добрый нрав. Жил в одном вольере с собаками.

Особенные хлопоты доставила самка бегемота. В день животное потребляет 40 килограммов пищи в день. Работники зоосада с трудом доставали 6-8 килограммов соломы и отрубей. Остальные 30 килограммов составляли распаренные опилки.

- Бегемотице необходимо было мыться, иначе у нее потрескалась бы кожа и она погибла, - рассказывает Дмитрий Васильев. – Воду доставали из Невы. В декабре оттуда привозили по 40-50 вёдер. После купаний бегемотицу натирали рыбьим жиром. Отмечу, что за зоосадом находились «Американские горы» из дерева. Потому у зоосада всегда были дрова для отопления.

В декабре 41-го года самка гамадрила родила детёныша. Она была настолько истощена, что собственного молока у неё не было. Каждый из дома малютки привозили бутылочку молока.

- В годы блокады тяжело было кормить единственного тигрёнка и хищных птиц, - продолжает дрессировщик. – Работники зоосада отыскали на складе старые кроличьи шкурки. Их набивали различными смесями из отрубей и соломы, смазанные тюленьим жиром. Хищники разрывали кроличьи шкуры и съедали содержимое.

Кроме того, в военные годы животных кормили овощами, которые выращивали в Челюскинском парке.

Отметим, что весной 1942 и 1943 годов зоосад был открыт для посещений и работал до первых морозов. С 1944 года зоосад заработал также весной и больше не закрывался.

В 1943 году в зоосаде насчитывалось 100 животных. Среди них были бегемот, олени, горные козы, обезьяны, бурые медведи, лисы, песцы, слоны, дикобразы, совы и не только.

В послевоенное время животные стали появляться в зоосаде довольно быстро. Вольеры пополнили особи местной фауны. В 1951 году появилось 150 видов животных.

Территорию народного сада передали зоосаду. В результате зоосад стал иметь статус зоопарка, площадь увеличилась до 7 га. В довоенный и военный периоды зелени практически не было.