Уголовное дело по факту гибели царской семьи было возбуждено в 1993 году в связи с обнаружением группового захоронения в окрестностях Екатеринбурга.

После идентификации останков следователи пришли к выводу, что в общей могиле были найдены тела российского императора Николай II, его супруги-императрицы Александры Федоровны Романовой, их детей – Ольги, Татьяны и Анастасии Романовой, а также членов царской свиты – лейб-медика Евгения Боткина, домашней девушки Анны Демидовой, лакея Алексея Труппа, а также повара Ивана Харитонова.Членов Императорского дома расстреляли в ночь с 16 на 17 июля 1918 года. 

Громкое уголовное дело об убийстве Романовых было прекращено в 1998 году в связи со смертью лиц, которые совершили преступление. 

Однако в конце июля 2007 года во время археологических раскопок по поиску останков великой княжны Марии Романовой и цесаревича Алексея Романова  недалеко от Екатеринбурга были найдены фрагменты костей и зубы двух человек – женщины и ребёнка.  На останках были зафиксированы признаки воздействия высокой температуры.

Уголовное дело было возобновлено.

В рамках расследования специалисты установили, что кости и зубы принадлежали как раз пропавшим княжне и цесаревичу.  После выяснения данного факта, дело в очередной раз прекратили.  Но в июле 2015 года по просьбе Русской Православной церкви была создана межведомственная рабочая  группа, которая должна была заняться вопросами исследования и захоронения останков Алексея и Марии Романовых.

Как сообщают в СКР,  члены рабочей группы предложили провести дополнительные идентификационные исследования по объектам, которые ранее были недоступны следствию – останкам сестры Императрицы Александры Федоровны Романовой – великой княгини Елизаветы Федоровны, находящимся в Иерусалиме (Израиль), а также по образцам крови деда Императора Николая II – Императора Александра II. Образцы крови остались на мундире убитого в 1881 году российского правителя. 

Для того, чтобы сравнить образцы генетического материала, необходимо будет провести эксгумацию останков Императора Николая II и Императрицы Александры Федоровны Романовой, захороненных в Петропавловском соборе Северной столицы.

В ближайшее время планируется также изучение архивов, найденных после 2011 года и связанных с «белогвардейским» следствием 1918-1924 годов, а также архивных материалов о судьбе вещественных доказательств по данному уголовному делу. 

В связи со вновь обнаруженными фактами для проведения дальнейших исследований  руководство СКР решило возобновить предварительное расследование уголовного дела о гибели семьи императора.