Новый понтифик не выступает резко негативно по отношению к гомосексуалистам и призывает к уважению секс-меньшинств, хотя, как священнослужитель, он осуждает однополые отношения.
Хорхе Марио Берголио выступал решительно против законодательства, введеного в 2010 году правительством Аргентины, разрешающее однополые браки. В письме к монастырям Буэнос-Айреса, он писал: "Давайте не будем наивными, мы говорим не о простой политической борьбе, это разрушительные претензии против плана Божьего. Мы говорим не о простом проекте закона, а скорее о махинации с отцом лжи, который стремится запутать и обмануть детей Божиих".
Кроме того, он считал, что усыновление детей однополыми парами является одной из форм дискриминации в отношении детей. Его заявления не вызвали одобрения со стороны президента Аргентины Кристины Фернандес де Киршнер, которая заявила, что тон церкви напоминал "Средневековье и инквизицию".
В своем микроблоге Twitter Хорхе Марио Берголио упоминал гомосексуалистов.
