Летом 2006 года голландский тренер Дик Адвокат пригласил его в петербургский «Зенит». Первоначально Риксен был взят в аренду, а в ноябре 2006 года его трансфер был выкуплен. В конце лета 2009 года клуб расторг контракт с игроком за нарушение дисциплины.

После этого Риксен вернулся в клуб, в составе которого в 1993 году начинал свою профессиональную карьеру, — в «Фортуну» из первого дивизиона Нидерландов. В 2013 году Риксен завершил профессиональную карьеру и продолжил играть на любительском уровне в команде «Минор» из деревни Нют, которую тренирует его брат.

Фернандо известен своим буйным характером. В «Рейнджерс» у него была драка с Андреем Канчельскисом, а в «Зените» с Владиславом Радимовым.

Игрок заявлял, что на протяжении всей карьеры у него были проблемы с алкоголем и он даже провёл шесть недель в реабилитационном центре.

Фернандо Риксен в октябре 2013 года заявил в одном из телеинтервью, что ему поставлен диагноз боковой (латеральный) амиотрофический склероз.

– В Петербург я прилечу в преддверии матча, – рассказал Metro бывший футболист «Зенита» Фернандо Риксен. – Здесь уже находятся моя жена Вероника и дочка Изабелла. В четверг пойду на игру «Зенит» – ПСВ. Будет интересно понаблюдать за ребятами, увидеться с болельщиками.

Фернандо приедет в Северную столицу не только по футбольным делам. Ему предстоит пройти курс лечения  от бокового амиотрофического склероза (БАС) – заболевания, которое приводит к параличу. Человек лишается возможности говорить, ходить, дышать, глотать...

– Все эмоции от игры придадут мне сил в борьбе с БАС, – уточнил Риксен. – Сначала я сдам анализы, и на их основе русский доктор  примет решение о лечении. В настоящий момент это эксперимент, и мы находимся в его начале. 

В Военно-медицинской академии Metro рассказали, что пока случаев излечения БАС не было.

– В 2007 году одному нашему пациенту были введены стволовые клетки, но итоговый результат был отрицательным. На Западе существует препарат, но он продлевает жизнь больным всего на три месяца, – пояснили врачи-неврологи.

Напомним, что Фернандо о своей болезни рассказал осенью 2013 года в прямом эфире одного из голландских телеканалов. Произошло это во время презентации автобиографической книги футболиста под названием «Дух бойца».

25 января в Глазго на стадионе «Айброкс» прошёл матч в поддержку Риксена – встречались команда друзей Риксена и сборная «Рейнджерс». На трибунах присутствовали 41 349 болельщиков.